Auf der Flucht vor Scar, der sich geschworen hat, alle Staatsalchemisten zu töten, und der gegen Major Alex Louis Armstrong kämpft, haben Ed und Al die Gelegenheit, endlich mit Dr. Marcoh zu sprechen. Im Laufe des Gesprächs finden die beiden mehr und mehr schreckliche Geheimnisse über das Ishbar-Massaker heraus. In diesem blutigen Bürgerkrieg erhoben sich die ursprünglich pazifistischen Bewohner in einer Rebellion gegen das Militär. In Realität könnte das aber alles anders aussehen. Es gab so viele schockierende Ereignisse, die das Leben vieler, vieler Menschen grundlegend veränderten. Könnte es sein, dass der Stein der Weisen eine zentrale Rolle im Ishbar-Krieg spielte?